| 昭和59.5 | 長野県総合5ヶ年計画において、小児総合医療体制の整備について検討を進めることとする |
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| 昭和60.8 | 小児総合医療対策研究会を設置 |
| 昭和62.5 | 小児高度専門医療施設調査委員会を設置 |
| 昭和63.11.25 | こども病院の建設を決定 |
| 平成元年1.28 | こども病院の建設場所を南安曇郡豊科町に決定 |
| 平成3.5.30 | 病院建築起工式 |
| 平成4.3.31 | 病院開設許可 |
| 平成5.3.10 | 病院本館 （一般病棟 100床） しゅん工 |
| 平成5.4.1 | 初代院長川勝岳夫就任 |
| 平成5.5.28 | 診療開始 （病床 60床） |
| 平成6.4.1 | 整形外科・形成外科・脳神経外科・眼科診療開始 病床１００床 |
| 平成6.8.1 | 紹介外来型病院の指定 |
| 平成6.10.25 | 県立こども病院周産期医療検討委員会 （第1回） |
| 平成6.11.1 | 耳鼻咽喉科・皮膚科診療開始 |
| 平成7.4.1 | 院内保育所、院内学級開設 |
| 平成8.2.19 | 周産期医療施設併設が県中期総合計画に入る |
| 平成8.3.19 | 県立こども病院周産期医療検討委員会 （第2回） |
| 平成9.1.31 | 周産期医療施設を含む200床に増床 を決定 |
| 平成9.2.5 | 県立こども病院周産期医療検討委員会 （第3回） |
| 平成9.5.21 | 県立こども病院周産期医療検討委員会 （第4回） |
| 平成10.10.23 | 長野県医療審議会周産期医療部会で総合周産期母子医療センター設置を決定 |
| 平成11.3.12 | 周産期医療施設等建設工事起工式 |
| 平成11.4.1 | 江木晉三院長就任 |
| 平成12.7.31 | 周産期医療施設（北棟）しゅん工 |
| 平成12.8.29 | 周産期医療施設落成式 |
| 平成12.9.4 | オーダリングシステム運用開始 |
| 平成12.9.25 | 患者情報管理室が北棟で業務開始 周産期棟（北棟）一部オープン（産科を開設、総合周産期母子医療センター業務開始） 病床117床 |
| 平成12.11.13 | 手術室、中央材料室が本館（南棟）から周産期棟（北棟）に移転 |
| 平成12.12.1 | 総合周産期特定集中治療室として産科MFICU、新生児科NICUが算定開始 |
| 平成13.4.1 | 「集中治療科」「総合母子保健科」の立ち上げ、スタッフ配置 |
| 平成13.7.1 | ICU病棟が特定集中治療室として算定開始 |
| 平成13.10.30 | 長期入院患者家族滞在施設建設工事着工 |
| 平成13.12.13 | ＭＲＩ棟建設工事着工 |
| 平成14.3.20 | ＭＲＩ棟しゅん工 |
| 平成14.4.1 | 石曽根新八院長就任 |
| 平成14.4.1 | 長期入院患者家族滞在施設（愛称「たんぽぽのおうち」）運営開始 |
| 平成15.1.1 | ＮＩＣＵ15床 ＧＣＵ19床 運用病床135床 |
| 平成15.5.24 .25 | 創立10周年記念事業 |
| 平成16.5.11 | 第5病棟開設 運用病床147床 |
| 平成16.8.1 | ＩＣＵに救急ホットライン設置 |
| 平成16.8.1 | 小児内科を総合診療科に改称 |
| 平成16.12.1 | 新生児科外来を総合診療科外来に統合 |
| 平成17.4.1 | 精神科診療開始 |
| 平成17.4.1 | 地域連携室設置 |
| 平成17.10.17 | 日本医療機能評価機構 認定病院（審査体制区分3 Ver.5.0） |
| 平成18.5.1 | 宮坂勝之院長就任 |
| 平成18.6.8 | 組織改正（経営管理部・診療部・医療技術部・看護部へ組織変更 病院改革室の新設ほか） |
| 平成19.4.1 | 救急集中治療部及び麻酔科を麻酔・集中治療科へ改称 |
| 平成19.5.8 | 第2病棟閉鎖、第4病棟オープン |
| 平成19.6.1 | 第4病棟30床、第5病棟28床、新生児病棟ＧＣＵ21床 運用病床157床 |
| 平成19.9.1 | 新生児病棟ＮＩＣＵ21床 運用病床160床 |
| 平成20.2.1 | 第3病棟24床から27床に増床 運用病床163床 |
| 平成22.4.1 | 地方独立行政法人長野県立病院機構に移行 |
| 平成22.4.1 | 勝山 努 院長就任 |
| 平成22.11.5 | 日本医療機能評価機構 更新認定 （審査体制区分3 Ver．6.0） |
| 平成23.4.1 | 原田 順和 院長就任 麻酔・集中治療科を 麻酔科 および 小児集中治療科 に再編 |
| 平成23.6.1 | 総合診療科を 総合小児科 および 血液腫瘍免疫科 に再編 |
| 平成23.7.1 | エコーセンター開設 |
| 平成24.2.1 | ３Ｄモデル造形センター開設 |
| 平成24.10.01 | 生命科学研究センター および 予防接種センター 開設 |
| 平成24.10.1 | 新生児病棟NICU21床から24床に、第4病棟26床から30床に増床 運用病床170床 |
| 平成25.5.25 | 創立20周年記念事業 |
| 平成25.7.1 | 口唇口蓋裂センター開設 |
| 平成25.10.1 | 第2病棟11床から21床に増床 運用病床180床 |
| 平成25.12.1 | 診療部 臨床病理科 を 診療部 臨床検査科 に改称 |
| 平成26.4.1 | 循環器センター開設 |
| 平成26.4.1 | DPC対象病院へ移行 |
| 平成27.12.4 | 病院機能評価3rdG. Ver1.1 認定 |
| 平成29.7 | PICU病棟8床から12床へ増床 |
| 平成30.2 | 地域医療支援病院の承認 |
| 平成30.4.1 | 中村 友彦 院長就任 |
| 平成31.4.1 | 感染症科、アレルギー科開設 |
| 令和1.10.1 | 訪問診療センター、訪問ケア科開設 |
| 令和2.10.1 | ニューロケア（神経治療）センター開設 |
| 令和2.11.1 | PICU病棟を集中治療病棟に改称 |
| 令和3.4.1 | 成育女性科、小児アレルギーセンター、成人先天性心疾患センター、移行期医療支援センター、患者サポートセンター開設 |
| 令和3.12.3 | 病院機能評価3rdG:Ver.2.0認定 |
| 令和4.4.1 | 小児がんセンター開設 |
| 令和4.6.1 | 北棟を増改築し、診察室の改修と感染隔離室を新設 |
| 令和4.7.7 | ソウル大学病院 小児病院と長野県立こども病院との交流推進に向けた覚書を締結 |
| 令和5.10.8 | 創立30周年記念事業 |
| 令和6.4.1 | 稲葉 雄二 院長就任 ネウボラセンター開設 診療部 臨床検査科 を 診療部 臨床検査・病理診断科 に改称 |
| 令和6.5.1 | 第４病棟、第５病棟を統合、ユニット化し、北４階病棟 に改称 |
